Sala 16. Soffitto della sala del Parto, decorata dal ferrarese Giulio Belloni (1592-93). I cassettoni dorati e decorati e gli ovali del fregio a grottesche lungo le pareti, ospitavano in origine dipinti di Gaspare Venturini, Bastianino e Scarsellino, oggi in parte esposti nella Galleria Estense di Modena, assieme alle tele di Agostino, Ludovico e Annibale Carracci che decoravano la precedente sala del Poggiolo.

Sala 1. Sala della collezione Vendeghini Baldi, donata alla Pinacoteca nel 1973. Al centro sono visibili due tavole di polittico di ignoto pittore ferrarese di fine '400, raffiguranti San Giovanni Battista e San Girolamo (quest’ultima giunta in museo già nel 1846). Sullo sfondo a destra la Madonna col Bambino di Gentile da Fabriano.

Sala 5. Il San Giorgio sulla parete di fondo a sinistra e la serie dei tondi esposta nella parte superiore della sala, sono affreschi staccati in origine parte del fregio dipinto da Garofalo, Girolamo da Carpi e collaboratori nel refettorio del convento di San Giorgio a Ferrara (1530-50 ca.); di proprietà della Fondazione Estense, già Cassa di Risparmio, sono esposti in Pinacoteca dal 1985.

Sala 9. Esposizione di una selezione di dipinti d’altare eseguiti per le chiese ferraresi da pittori cittadini e forestieri fra la seconda metà del '500 e nei primi decenni del '600. A sinistra, tre pale del Bastianino (Circoncisione, 1560-65 ca.; Santa Cecilia, 1598-1602 ca.; Madonna col Bambino, santa Lucia e san Matteo, 1580-85 ca.); a destra l’Angelo custode (1625 ca.) e i Santi Lorenzo e Maria Maddalena del Bononi (1625-32 ca.).

Sala 16. Sala del Parto, appartamento di Virginia de’ Medici, con originale soffitto a cassettoni. Sono qui esposte alcune pale d’altare del Garofalo, il pittore meglio rappresentato in Pinacoteca, fra le quali, da sinistra, la Resurrezione di Lazzaro, la Strage degli innocenti, la Madonna del Riposo e l’Orazione nell’Orto, eseguite fra il 1519 e il 32.

Sala 19. A chiudere il percorso della Pinacoteca, una delle opere più celebri del museo, l’imponente polittico Costabili, realizzato da Garofalo e Dosso Dossi fra il 1513 e il '22 per l’abside della chiesa di Sant’Andrea a Ferrara. A destra, le due opere di maggior pregio della Fondazione Estense: i Sapienti dipinti da Dosso attorno al 1522.